調査等により近日中（おおむね６か月以内）に納付すべき税額の確定が見込まれる場合、修正申告書等を提出する前であっても、その納付すべき税額の見込金額を、税務署長に申し出ることにより、あらかじめ納付（予納）することができる制度です。
従来であれば、調査等により納付すべき税額が見込まれる場合、当該税額は修正申告書等の提出をもって確定し、同時に修正申告書等提出日が納期限となります。つまり、修正申告書等提出日と法定申告期限の間の延滞税対象計算期間における日数に応じた延滞税が発生することになります。
予納制度を利用した場合、延滞税の計算は納付された日までとなりますので、延滞税の額が修正申告書等提出日と同時に納税した場合と比較して少なくなる場合があります。特に、法定申告期限から１年以内に修正申告等を行う場合は、延滞税の計算は予納した日までとなり、延滞税の額が少なくなります。ただし、法定申告期限から１年を経過して修正申告等を行う場合には、除算期間がない場合に限り、延滞税の額が少なくなります。
また、予納を行うにあたっては「国税の予納申出書」に必要事項を記載して、税額の確定 手続（修正申告書の提出等）前又は納期限前までに、所轄の税務署に提出の上、予納する金額を納付する必要があります。



出典：国税庁HP

税務申告をして数年後に調査があり納付すべき金額が見込まれた場合には、調査のタイミングによって延滞税の負担が変わってしまうため不公平感があるということから、延滞税対象期間に関して特例があります。それは期限内申告書が提出されていて、法定申告期限後1年を経過してから修正申告または更正があったときには、その1年間を経過した後の一定の期間（除算期間）は延滞税の計算期間に含めないというものです。また期限後申告書が提出されていて、その申告書提出後1年を経過してから修正申告または更正があったときにおいても、その1年間を経過した後の一定の期間（除算期間）に関しては延滞税の計算期間に含めません。ただし、重加算税に関しては特例の適用外となります。