交通事故などのために、被害者が治療費や慰謝料、損害賠償金などを受け取ったときは、所得税法上、これらの損害賠償金等は非課税となります。
ただし、これらの損害賠償金のうちに、その被害者の各種所得の金額の計算上必要経費に算入される金額を補てんするための金額が含まれている場合には、その補てんされた金額に相当する部分については、各種所得の収入金額とされます。
非課税となる賠償金等では、心身に加えられた損害について支払を受ける慰謝料などがあります。具体的には、事故による負傷について受ける治療費や慰謝料、負傷して働けないことによる収益補償の損害賠償金などが該当します。ただし、治療費として受け取った金額は、医療費を補てんする金額であるため、医療費控除に含めることはできません。したがって、医療費控除を受ける場合には、支払った医療費の金額から差し引くことになりますが、医療費を補てんし、なお余りがあっても他の医療費から差し引く必要はありません。
また、不法行為その他突発的な事故により資産に加えられた損害について受ける損害賠償金などがあります。具体的には、事故による車両の破損について受ける損害賠償金などです。
しかし、損害を受けた資産が事業用の資産の場合には、注意が必要なケースがあります。例えば、商品の配送中の事故で使いものにならなくなった商品について損害賠償金などを受け取ったケースです。この場合、棚卸資産の損害に対する損害賠償金などは非課税にならず、事業所得の収入金額となります。
また、車両が店舗に飛び込んで損害を受けた場合で、その店舗の補修期間中に仮店舗を賃借するときの賃借料の補償として損害賠償金などを受け取るケースもあります。この損害賠償金などは、必要経費に算入される金額を補てんするためのものであり、事業所得の収入金額となるため注意が必要です。

事故により事業用の車両を廃車とする場合に、その車両の損害について損害賠償金などを受け取ったケースでは、車両の損害に対する損害賠償金などは非課税となります。ただし、車両について資産損失の金額を計算する場合は、損失額から損害賠償金などによって補てんされる部分の金額を差し引いて計算します。なお、この場合、損害賠償金などの金額がその損失額を超えたとしても、全額が非課税となります。