所得税の確定申告で医療費控除の適用を受ける者は 760 万人以上ともいわれ、多くの人になじみのあるところですが、適用にあたり医療費の領収書に基づいて必要事項を記載した「医療費控除の明細書」を確定申告書に添付して提出することになっています。診療等を受けた医療機関、薬局が数多い場合などでは入力や集計などの作業に手間がかかる場合もあります。そのような場合、健康保険組合など保険者から送られてきた「医療費のお知らせ」が、医療費通知に当たる場合には、医療費控除を受ける際の添付書類として利用することができることになっているため、申告処理の簡素化が図れます。ただし、健康保険組合などから送られてきた「医療費のお知らせ」を確定申告に際して利用する場合、注意する点もあります。この「医療費のお知らせ」は、おおむね８月から10月あたりまでの診療や薬の処方等調剤の記録になっているものもあり、その期間の後に医療機関等の診療等を受けた場合はその領収書等をもとに医療費控除の明細書を作成する必要があります。また、「医療費のお知らせ」は、基本的に保険適用となる診療のものが記載されているため、自由診療は記載されません。たとえば、令和６年10月以降に後発医薬品（ジェネリック医薬品）がある医薬品で一部の先発医薬品の処方等・調剤を希望した場合に支払う「特別の料金」。これは治療や療養に必要な医薬品の購入の対価として医療費控除の対象となります。そのほか、医療費控除では自由診療が多い歯の治療について、たとえば、金やポーセレンは歯の治療材料を使った治療の対価など基本的に治療目的で一般的な支出とされる部分については、保険適用外のものでも医療費控除の対象となるケースもあります。また、治療目的で通院・入院した費用、たとえば公共交通機関の交通費などに関しては基本的に医療費控除の対象となるため、明細に記載できます。医療費控除に関しては、お知らせの添付や明細作成に際して個々の領収書も確認するなど注意が必要です。

「医療費のお知らせ」が、医療費控除を受ける際の添付書類として利用することができるのは、医療保険者が発行する医療費の額等を通知する「医療費通知」に該当することが必要です。また、電子申告（e-Tax）により確定申告を行う際に、医療保険者から交付された「医療費通知」データ（ＸＭＬ形式）で、その医療保険者の電子署名とその電子署名に係る電子証明書が付されたものを所得税の確定申告書データに添付して送信します。