住宅ローン控除の手続きについては、2022年度税制改正において、2023年１月１日以後に居住する個人が住宅ローン控除の適用を受ける場合には、金融機関等に対して「住宅ローン控除申請書」を提出し、金融機関等が直接税務署に残高等の証明をするため、借入金の年末残高証明書や最初の申告時に必要な新築工事請負契約書の写し等の添付が不要となりました。つまり、2024年以後の確定申告や年末調整では年末残高証明書の添付が不要になります。
ただし、金融機関のシステム対応が間に合わない等で2022年度改正への対応が困難な場合は、現行と同様に年末残高証明書を交付できる経過措置が設けられています。住宅ローン控除適用申請者の手続きは、金融機関等が経過措置を適用するか否かで異なってきます。
経過措置を適用する金融機関等であれば、現行通り、適用申請者に年末残高証明書を交付し、その交付を受けた適用申請者は、確定申告書に添付して税務署に提出する必要があります。
現行においては、住宅ローン控除を受ける最初の年には確定申告が必要で、入居年の翌年１月（還付のみの場合）から確定申告ができます。翌年以降は会社員であれば年末調整により減税を受けることができ、銀行からの借入金の残高証明書や税務署から最初に申告をした年に交付される（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額の計算明細書を添付して会社に申告すれば、住宅ローン控除が適用されます。
所得税の減税分の還付は、確定申告年は確定申告後から１ヵ月程度で銀行に直接振り込まれ、翌年以降の年末調整時は年末の給与と一緒に減税額が振り込まれます。住民税の減税分は、申告した年の６月以降にかかる住民税から減税されることになります。
こうした流れの中で、2023年以後は、納税者の利便性向上や電子申告推進等の観点から、確定申告及び年末調整において、年末残高証明書の提出が不要となるのです。

2022年１月１日以降に住宅の取得や居住を開始した個人の住宅ローン減税は、住宅ローンの年末残高に対して0.7％の減税、控除期間13年間です。住宅ローンの返済期間が10年以上あり、年末時点の残高に対して0.7％の所得税が減税されます。所得税から引き切れないときには、住民税から減税しますが、住民税から減税できる金額には上限があり、所得税の課税総所得金額等の５％（最高9.75万円）までとなります。