インボイス制度が開始される本年10月１日から適格請求書発行事業者となるための登録申請書の提出期限は、３月31日となっていましたが、この期限までに登録申請書を提出できなかったことにつき困難な事情がある場合には、登録申請書にその旨を記載して提出することにより、４月以降の申請であっても、９月30日までの提出であれば、10月１日に登録を受けたものとみなされる経過措置があります。
この経過措置について、2023年度税制改正の大綱（閣議決定）において、2023年10月１日から適格請求書発行事業者の登録を受けようとする事業者が、３月31日より後に提出する登録申請書に記載する困難な事情については、運用上、記載がなくとも改めて求めないものとされています。
ただし、登録申請書を提出してから登録通知までの期間を考慮する必要があります。というのも、国税庁によると、４月10日時点で、ｅ－Ｔａｘ提出の場合で約３週間、書面提出の場合で約２ヵ月もの期間がかかっているからです。そのため、インボイス制度が開始される10月１日の直前などに登録申請を行った場合、登録の通知が制度開始までに手元に届かない場合も想定され、取引先にインボイスを交付できない事態も起こり得ます。
こうした場合の対応については、財務省が公表している「インボイス制度の負担軽減措置のよくある質問とその回答」において明らかにされています。それによると、９月末までに登録申請を行ったが、インボイス制度が開始される10月１日までに登録の通知が来なかった場合については、2023年10月１日に遡って登録を受けたものとみなされるとして、対応を示しています。
国税庁では、インボイス制度への対応には事業者の各種準備が必要となるほか、登録通知が届くまで一定の期間を要するので、登録を決めた事業者に対しては早めの申請を勧めています。

登録通知が制度開始までに届かない場合、(1)事前にインボイスの交付が遅れる旨を取引先に伝え、通知後にインボイスを交付、(2)取引先に対して通知を受けるまでは暫定的な請求書を交付し、通知後に改めてインボイスを交付し直す、などの対応が考えられます。なお、事前に暫定的な請求書を交付する場合、その請求書との関連性を明らかにした上で、インボイスに不足する記載事項（登録番号等）を通知する対応でも構わないとしています。