店舗併用住宅とは、１つの家屋の中に居住用部分と店舗用部分が一緒になっている家屋をいいますが、個人がこの店舗併用住宅を売って譲渡所得が生じ、代わりに同じ種類の店舗併用住宅に買い換えた場合で一定の要件に当てはまるときは、居住用部分と店舗用部分については、それぞれ特例の適用を受けられます。
居住用部分では、居住用財産を譲渡した場合の3000万円の特別控除の特例や居住用財産を買い換えたときの特例の適用が受けられます。
「居住用財産を譲渡した場合の3000万円の特別控除の特例」は、マイホーム（居住用財産）を売ったときは、所有期間の長短に関係なく譲渡所得から最高3000万円まで控除ができるというものです。特例の適用を受けるためには、自分が住んでいる家屋を売るか、家屋とともにその敷地や借地権を売ること、以前に住んでいた家屋や敷地等の場合には、住まなくなった日から３年を経過する日の属する年の12月31日までに売ることなどの要件があります。
特定の居住用財産の買換えの特例では、例えば、1000万円で購入したマイホームを5000万円で売却し、7000万円のマイホームに買い換えた場合には、通常の場合、4000万円の譲渡益が課税対象となりますが、この特例の適用を受けた場合には、売却した年分で譲渡益への課税は行われず、買い換えたマイホームを将来譲渡したときまで譲渡益に対する課税が繰り延べられます。
また、店舗用部分は、事業用の資産を買い換えたときの特例の適用が受けられます。この特例は、個人が、事業の用に供している特定の地域内にある土地建物等（譲渡資産）を譲渡して、一定期間内に特定の地域内にある土地建物等の特定の資産（買換資産）を取得し、その取得の日から１年以内にその買換資産を事業の用に供したときは、一定の要件のもと、譲渡益の一部に対する課税を将来に繰り延べることができるというものです。

事業用資産の買換えの特例の適用を受けるには、資産を譲渡した年か、その前年中あるいは譲渡した年の翌年中に買換資産を取得することが必要です。なお、令和６年４月１日以後に譲渡資産の譲渡をして、かつ、同日以後に買換資産の取得をする場合にこの適用を受けるためには、一定の期限までに、適用を受ける旨ほか必要事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出する必要がありますので、ご注意ください。