免税事業者が新たに課税事業者となる場合、前期から繰り越されてきた「棚卸資産に含まれる消費税」の取扱いはどのようにしたらよいのでしょうか。
この場合は、課税事業者となる日の前日において所有する棚卸資産のうちに、納税義務が免除されていた期間に仕入れた棚卸資産がある場合は、その棚卸資産に係る消費税額を、課税事業者になった課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額とみなして仕入税額控除の対象とします。
この対象となる棚卸資産は、商品、製品、半製品、仕掛品、原材料、貯蔵中の消耗品等で、現に所有しているものをいいます。また、仕入税額控除の対象とすることができる棚卸資産の消費税額の計算は、その棚卸資産の取得費用の額に110分の7.8（軽減税率の適用対象となる棚卸資産については108分の6.24）を掛けた金額となります。この率は、棚卸資産を仕入れた日が2014年４月１日（消費税率８％へ引上げ）の前か後で異なります。
具体的には、新たに課税事業者となる場合に、2014年４月１日前に仕入れた棚卸資産を有している場合には、その棚卸資産の取得費用の額に105分の４を掛けて棚卸資産に係る消費税額を計算します。一方、新たに課税事業者となる場合に、2014年４月１日以降2019年10月１日前に仕入れた棚卸資産を有している場合には、その棚卸資産の取得価額に108分の6.3を掛けて棚卸資産に係る消費税額を計算します。
この場合の棚卸資産の取得費用の額には、その棚卸資産の購入金額のほかに、引取運賃や荷造費用、そのほかこれを購入するために要した費用の額などが含まれます。
また、この適用を受けるためには、その対象となる棚卸資産の明細を記載した書類をその作成した日の属する課税期間の末日の翌日から２ヵ月を経過した日から７年間保存しなければならないこととされています。

左記とは逆パターンで、課税事業者が免税事業者になった場合には、課税事業者だった課税期間の末日に所有する棚卸資産のうち、その課税期間中に仕入れた棚卸資産に係る消費税額は、その課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額には含まれないこととされます。課税事業者期末時点で残る「棚卸資産」のうち、課税事業者最終年度の仕入に係る消費税は、「仕入税額控除」できないのです。