ふるさと納税は、自身の選んだ自治体に対して寄附を行った場合に、寄附額のうち2000円を超える部分について、所得税及び個人住民税からそれぞれ控除が受けられる制度です。
ふるさと納税に係る控除額の計算は、まず(1)所得税は、「（ふるさと納税額－2000円）×所得税率（５％から45％）」が控除額となります。なお、所得控除の対象となる寄附金の額は、総所得金額等の40％が上限となります。次に(2)個人住民税（基本分）は、「（ふるさと納税額－2000円）×10％」を税額控除、また(3)個人住民税（特例分）は、「（ふるさと納税額－2000円）×（100％－10％（基本分）－所得税率（５％から45％））」が控除額の計算となります。
上記(1)及び(2)により控除できなかった額を、(3)により全額控除（所得割額の20％を限度）します。なお、2013年分から2037年分の寄附については、所得税率は復興特別所得税を加算した率となります。
ふるさと納税として寄附された金額について、控除を受けるためには、確定申告をする必要がありますが、2015年４月１日以後に都道府県・市区町村にふるさと納税を行った場合で、かつ、ふるさと納税以外の確定申告が不要な給与所得者については、１年間のふるさと納税の寄附先が５団体以内の場合に限り、ふるさと納税先団体に申請書を提出することにより確定申告をしなくても、この寄附金控除を受けることができます。この制度を「ふるさと納税ワンストップ特例制度」といいます。
５団体を超える自治体にふるさと納税を行った人や、ふるさと納税の有無にかかわらず、確定申告をする人がふるさと納税について寄附金控除の適用を受けるためには、ふるさと納税の金額を寄附金控除額の計算に含めて確定申告をする必要があります。また、ワンストップ特例の申請者が、誤って寄附金控除の適用を受けずに確定申告をした場合は、更正の請求により寄附金控除の適用を受けることができます。

ふるさと納税として寄附された金額について、確定申告で寄附金控除の適用を受ける場合には、確定申告書第二表の「寄附金控除に関する事項」の「寄附先の名称等」欄及び「寄附金」欄にふるさと納税先団体名及びふるさと納税として寄附された金額を記載するとともに、「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄にふるさと納税として寄附された金額も必ず記載する必要があります。